尽管充满争议，2025年4月21日辞世的教皇方济各以“简朴、怜悯、进取”的姿态，挑战着这个时代的教会与信仰现状。
方济各创造了多个“第一”：他是首位来自美洲的教宗，第一位耶稣会士教宗，也是首位选择“方济各”这一教宗名号者，以致敬亚西西的圣方济各。他还是第一位访问伊拉克的教宗，并在2021年与该国什叶派最高宗教领袖会面。
他以谦卑和简朴著称：在阿根廷，他搭公交车、自己做饭、频繁走访贫民窟；成为教宗后，他依旧穿旧鞋、不讲排场，以身作则提倡教会节俭风尚。
移民议题是方济各的重要关注点。他曾前往兰佩杜萨慰问新抵达的移民，也曾在美墨边境为移民祈祷。在希腊莱斯沃斯，他将12名叙利亚难民带回罗马。他多次公开谴责对移民的冷漠态度，甚至批评筑墙阻挡移民的政治行为“并非基督徒的表现”。
在性少数群体方面，方济各展现出教会少有的宽容。他曾说：“我是谁，能加以评断？”2023年，他表示同性恋不是犯罪，并批准为同性伴侣进行祝福，只要不模仿婚礼仪式即可。
作为首位在教义文件中引用科学数据的教宗，他在《愿祢受赞颂》中强烈批判全球经济的不公，倡导以信仰推动环保变革，将对大地的关爱提升为信仰实践的一部分。他呼吁进行文化革命，以纠正他所称的“结构性邪恶”的全球经济体系，避免让地球继续变成“一堆巨大的垃圾”。不过，在他之前已有多位教宗也曾呼吁更好地保护环境。
他任期内也遭遇性侵丑闻的风暴。2018年，他最初误信了一名受指控的智利主教，引发舆论反弹。他此后道歉，召集智利主教团请辞，并推动教会改革，打破沉默文化，制定调查制度。但他仍因在个别案件中未站在受害者一边而受到批评。
方济各的改革触动了一些保守派的神经。部分人对他允许离婚再婚者领圣体感到愤怒，甚至指责他为异端。2018年，教廷前驻美大使维加诺公开指控他对性侵丑闻视而不见，并要求他辞职。
